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Besançon dispose d'hébergements dans plusieurs zones centrales et résidentielles. La Vieille Ville place les visiteurs près du centre historique, des quais, restaurants et monuments comme le Palais Granvelle. Chaprais offre un cadre majoritairement résidentiel à l'est du centre, avec hébergements urbains et accès aux services locaux. Autour de la gare et Battant, les visiteurs trouvent hôtels de ville, appartements et liaisons pratiques avec les quartiers centraux. Les types d'hébergement à Besançon incluent hôtels traditionnels, aparthôtels, appartements de vacances meublés, chambres d'hôtes et auberges de jeunesse. Des options de camping sont également disponibles dans et autour de la ville pour les visiteurs recherchant un hébergement extérieur. Le centre-ville offre la plus grande concentration d'établissements d'hôtellerie, tandis que les quartiers périphériques incluent des logements résidentiels plus calmes et propriétés plus grandes avec espace supplémentaire.

Besançon est relié au réseau ferroviaire français par la gare de Besançon-Viotte, avec trains locaux et régionaux desservant la ville, et la gare de Besançon Franche-Comté TGV assurant des liaisons à grande vitesse hors du centre. L'accès routier inclut l'autoroute A36, avec liaisons vers la ville par le réseau routier environnant. Les aéroports majeurs les plus proches incluent l'aéroport Dole-Jura et l'EuroAirport Bâle-Mulhouse-Fribourg, tandis que l'aéroport de Genève constitue une autre option internationale par la route. Le réseau de transport public du Grand Besançon inclut trams et bus Ginko desservant les quartiers centraux et communes environnantes. Les installations de parc-relais en périphérie de la ville se connectent au transport public, et les parkings publics centraux desservent les zones historiques et commerciales. Les déplacements locaux sont également possibles à vélo et à pied.